I po instalaci operačního systému Windows XP je možné převést FAT32 na NTFS. Stačí k tomu použít nástroj convert.exe, který provede převod bez ztráty dat. Opačně z NTFS na FAT nebo FAT32 bohužel pomocí tohoto nástroje převod nelze. Je nutné použít jiný specializovaný program a nebo zvolenou partition zformátovat.